根はゴボウ状の多肉質で、直根性で地中深く伸びる。

葉は、細長く先端が尖り、十字対生する。側芽は必ずこの葉の付け根より伸びる。主茎は１ｍ以上に伸び、よく分枝してこれらの枝の先に霞がかったように白色あるいは桃色の小花をつける。小花は小さく、一般に高温時に開花した場合には花数は少なく大きめの花となり、低温時に開花した場合には花数多く小さめの花となる。自然開花期は５月下～６月上旬頃である。がくは、長さ約５mmの短鐘形で五裂する。
　自然状態では、秋にロゼット化した株は、冬の低温を受けて生理的にロゼット打破され、春に花芽を形成すると同時に花茎が急速に伸長し開花する。その後、夏の高温を受けると生理的にロゼット化し、秋の低温・短日条件のもとで形態的にロゼット化して冬を迎える。このように、シュッコンカスミソウでは、高温期を経て生理的にロゼット化した株が、低夜温、短日、弱光の条件下で形態的にロゼット化するが、根の活性も大きく影響している。すなわち、挿し芽苗や十分な低温に遭遇した株はロゼット化しにくく、一度開花した株はロゼット化しやすい。また、一度ロゼット化した株を低温遭遇させずに開花させるのは非常に難しい。
　露地栽培での花芽分化は、茎長が約20cmの頃に始まり、茎長が約30cmの頃にがく片形成期、約50cmで雌ずい分化期となる。開花は、主茎先端の花序（頂花）から求基的に進むが、二出散状花序内では枝分かれの順序に従って低次の花から高次の花へと進む。なお、出蕾期前後（雄ずい形成期）に高温、特に高夜温に遭遇すると雄ずいが花弁化して奇形花（ダンゴ花）となる。

０：正常花
１～３：ダンゴ花

程度がひどくなる程、花が大きくなる。